Alajärven Vapaaseurakunta on Suomen Vapaakirkon jäsenseurakunta, joka toimii Alajärvellä ja sen ympäristössä. Alajärvellä alkoi vapaakirkollinen kokoustoiminta 1920-luvulla, mutta varsinainen seurakunta perustettiin vuonna 1973. Seurakunta toimii Alajärven, Lappajärven, Vimpelin ja Vetelin alueelle mutta enimmäkseen toiminta on keskittynyt Alajärvelle. Seurakunnan vt. johtaja on Jorma Suopuro. Vapaaseurakunta on vuodesta 2016 lähtien toteuttanut ruoka-apua seurakuntasalin edustalla.